Ytterbium kommt nur in minimalen Mengen im Körper vor und besitzt keine biologische Bedeutung.
Ytterbium und seine löslichen Verbindungen sind leicht toxisch. Ytterbium gilt als teratogen; in einer Studie mit Goldhamster-Embryos wurden nach Gabe von Ytterbiumchlorid Skelettänderungen wie zusammengewachsene oder zusätzliche Rippen oder Veränderungen an der Wirbelsäule festgestellt.